比较基因组学分析与应用

比较基因组学分析与应用-生信俱乐部
比较基因组学分析与应用
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 第一天(背景知识)
二代基因组测序技术原理三代基因组测序技术原理Hi-C 技术测序技术原理基因组测序策略基因组的评估标准

基因组学的研究进展

比较基因组学的概念与分析方法

常用数据库的介绍与使用

Linux 操作系统介绍 Linux 常用命令

第二天
第二天 (基因组组装与注释)
基因组 Survey 分析基因组的 de novo 组装Hi-C 数据挂载、染色体级别基因组的组装基因组组装结果的评估重复序列注释

基因组结构注释之同源注释法

基因组结构注释之从头注释法

基因组结构注释之 RNA-seq 法

ncRNA 注释

基因组功能注释

第三天
第三天(比较基因组学分析)
基因组数据的准备蛋白序列比对基因家族聚类 Single-copy tree的构建物种分歧时间基因家族扩张/收缩分析

基因家族的富集分析

串联法构建全基因组树

第四天
第四天(比较基因组学分析)
ASTRAL分析Densitree基因多序列比对正选择分析基因组共线性分析Circos plot的绘制

SNP calling

SV的检测与注释

CNV的检测与注释

PAV的检测与注释

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