第一天
5.单细胞重大项目及数据库介绍。
实操内容：
1. Linux命令入门讲解及实操训练。
2. R语言简介及安装。
3. R语言简单语法及常见命令。
4. 数据挖掘及其统计应用。
5. R语言实操画图ggplot2为主。
第二天
实操内容：
1. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操。
2.质控基因和细胞。
3.选取高可变基因。
4.降维与分群。
5.Biomarker定义细胞类型。
6.寻找差异基因
7. 通过Seurat 合并多样本及消除样本异质性：
8.通过harmony合并多样本及其消除样本异质性。
第三天
5. 讲解单细胞WGCNA，利用关联共表达找到某些细胞中有关联作用的基因list（也就是模块）。
6. 全面解析SCENIC软件进行转录因子预测分析。
理论内容：
1. 空间转录组技术的介绍。
2. 空间转录组技术的应用。
3. 空间转录组文章图表的解读。
4. 空间转录组技术在癌症、发育、神经科学等领域的研究思路。
第四天
5. 通过Seurat软件进行降维、聚类和可视化。
6. 通过Seurat进行基因表达可视化。
理论+实操内容
1. 通过Seurat进行空间变量特征的识别。
2. 与单细胞数据关联分析（空间细胞类型定义）
3. 通过Seurat处理多个切片。
4.单细胞及空间转录组数据分析总结。
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THE END
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