全多组学 | 代谢组学+肠道菌群+转录组+蛋白质组生信分析助力高分文章发表

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时间安排 主要内容 涉及知识点(或举例)
 

 

 

 

第一天 9.00-11.30

 

 

 

 

 

代谢组学生信分析

 

1代谢组学基本入门知识(课题设计、样品类型、所用的仪器设备、样品收集要求)

2,原始矩阵归一化处理,

3,Simca-p软件的使用

4,Pca、oplsda模型的建立、代谢物VIP值的计算

5,置换检验

6,差异代谢物的筛选、鉴定

7,HMDB、metaboanalyst数据库的使用,代谢通路富集分析

8,代谢物的pearson相关性分析

第一天 2.00-5.00 转录组学数据分析

 

1,GEO数据库的使用和芯片下载,

2,R语言做差异分子的筛选

3,PPI蛋白互做网络构建

4,富集分析

5,基因的pearson相关性分析

第二天 9.00-11.30  

 

蛋白组学数据分析

肠道菌群课题设计+数据分析(基于云平台)

 

1,差异蛋白分子的筛选

2,PPI蛋白互做网络构建

3,富集分析

4,蛋白的pearson相关性分析

5,肠道进群入门知识,

6,课题设计

7,α、β多样性分析,

8,组间差异物种分析

9,Lefse分析,

10,功能分析

11,关联环境因子

 

 

第二天 2.00-5.00

 

 

 

多组学联合分析

6,转录组+蛋白组/代谢组关联实验 设计、分析方法及应用,

7,蛋白组+代谢组关联实验设计、 分析方法及应用

8,网络药理学和代谢组学的联合分析

9,R语言:相关性分析;在线工具:热图、火山图等常见图形的绘制

10,(转录组+蛋白关组联)

11,蛋白互作网络图、相关性调控 网络图的应用介绍

12,Cytoscape软件及使用详解

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